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时间：2016年04月30日 | 作者 : admin | 分类 : 全部文章 | 浏览: 622次

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如果你点进来了，说明做科研的基本的好奇心还是有的。
如果只是来八卦樱田门外之变，对不起让你失望了。这里没有八卦，李宇菲我们是一个严肃的公众号。
如果想知道哪一个版本更好？对不起，我也不知道哪个更好。我们没有直接的证据，只有比较的结果而已沈烈烈。其实我们最想聊一聊造成这种差异的原因无毛猿。
那么看完本文你能收获什么？至少知道以后怎样做共线性分析并且展示结果老哥救命啊。
两个版本的基因组出来以后，在一次饭后的谈话中，胖丫说，我很好奇这两个节节麦的基因组一致性怎么样？我说，没评估这个谁知道。这次谈话结束不久，有空的时候我就想一想该如何方便的做个比较，并且花的时间较少，所以我就翻箱倒柜找出一些共线性分析的文献和软件，最终选定了一个叫SyMap的软件 (http://www.agcol.arizona.edu/software/symap/)。插一句，这个过程要感谢印象笔记，能够让我根据关键词快速锁定我以前搜集的有关共线性分析的内容。
先看下结果，结果如下面几张图所示。
(上图中展示的每个点，其identity大于等于98%，可只看蓝色的点)

从图上来看，染色体中间部分一致性较差（有倒位现象），而两端一致性非超好。
那么引起这种现象的原因有哪些呢？
首先要说的，分析使用的是编码基因的序列，而中间，特别是着丝粒的地方，基因密度很小，所以我们看到中间空白的地方。而且中间重复序列多，组装上相对就不是特别容易。
其次挂载至染色体水平时，只使用的是遗传数据，也即遗传图谱上标记的顺序，一般来说，韩国最新舞曲染色体中间重组率低，所以scaffold挂载时，方向不容易确定等。
这对我们有什么启示呢？
第一，如果你是做图位克隆的qq简单盗，那么当你的QTL区间位于着丝粒附近时要特别小心，参考序列可能是错的。
第二，如果以后再进行小麦基因组测序，要想获得较好的组装结果谢军碎心石，当下比较流行的Hi-C，光学图谱，10Xgenomics等技术必不可少。当然NRGene的那个软件也不能丢鼋怎么读。
下面说说具体的操作步骤。
1、由于贾老师那边只能拿到基因组序列，所以将罗老师那边注释的基因mapping到这个基因组上，identity大于等于98%，最后采用了大概7万个基因，每个基因位点，只保留一个转录本。结果保存为gff3格式，使用的软件是magic-blast，也可以使用gmap。
2、有了gff3文件和基因组序列，接下来就是将两个文件导入SyMAP，设置见下图。其实，这个SyMAP我们在前边也提到过（吐血推荐：小麦或植物常用网站），它是基于java的，免安装，图形化界面黑狱风云2，用起来相对也较简单。这里要注意，在比对时殇宠，实际上只比对了gff3定义的基因区，而对于基因间隔区则没有比较。

3、设置好，就可以运行了，使用8核的话，不到一个小时就运行完了都市逍遥侠。
4、结果的展示，上面只展示了两种形式,还有另外的展示形式如下。

最后要注意，小伙伴在使用SyMAP时，千万不要按照我的参数来深囧，如果你要和水稻进行共线性分析，还要认真阅读SyMAP的手册以及背后的原理。
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